Fondé en 1999 du côté d'Osnabrück en Allemagne et un temps affilié au label australien Hidden Shoal Recordings connu des plus éminents spécialistes de musiques électroniques, Sankt Otten fait ses débuts sur CD dès sa première année d'existence avec l'EP Stille Tage im Klischee suivi un an plus tard par l'album Eine Kleine Traurigkeit. S'ensuivra une quasi demi-décennie de silence discographique avant que le duo composé de Stephan Otten et Oliver Klemm ne signe chez Hidden Shoal pour livrer un deuxième album long-format intitulé Wir koennen ja freunde bleiben (2006) puis récidive un an plus tard avec Wunden gibt es immer wieder.
En 2009, les allemands rejoignent les rangs du label de leurs compatriotes de chez Denovali Records et livrent en l'espace de trois ans pas moins de quatre efforts : Morgen wieder lustig, un split avec Majeure, Gottes synthesizer et Sequencer liebe. Entre-temps, ils ont également publié en 2008 un EP intitulé Tiefgang composé d'inédits datant de la période 1999/2000.